恽代英在参与领导五卅运动的同时，勇敢地同大地主阶级和大买办阶级的政治代表国家主义派以及国民党右派进行了斗争。
    恽代英在演说和文章中用大量事实揭露了国家主义派反共反人民和甘作帝国主义走狗的真面目。
    恽代英严厉驳斥了国这有主义派关于全民革命的谬论。他责问他们：“你们宣扬阶级合作，反对阶级斗争，提倡什么全民革命，你们能解释那些国贼、贪官污吏与恶霸土豪，也在你们的全民之内吗？
    国家主义派被驳得狼狈不堪。
    当一向反对共产党的国民党宣传部长、反对理论家戴季陶发表了代表作《孙文主义之哲学的基础》和《国民党革命与中国国民党》后，恽代英接连连发表了《读〈孙文主义哲学的基础〉》、《民族革命中的共产党》、，《国民党与阶级争斗》、《真正三民主义》等文章，同戴季陶主义反对马克思主义的唯物论、阶级斗争学说以及反对国共合作的反动理论进行坚决而有力的斗争。
    恽代英在上海大学发表的题为《孙中山主义与戴季主义》（秦邦宪记）的讲演中对戴季聊曲解孙中山的思想、阉割三民主义的革命灵魂，作了全面的驳斥。
    国民党右派的猖狂反共，到西山会议召开时，进一入了一个高潮。这年11月23日，国民党右派邹鲁、谢持、林森、居正、张继、叶楚伧等14人，在北京西山碧云寺召开所谓“国民党一届四中全会”。会议通过了取消共产党员的国民党党籍，取消共产党在国民党内之中央部长职务，解除鲍罗廷的顾问职务等议案。
    12月14日，西山会议派在上海环龙路44号成立了伪中央党部，开成了和广州国民党中央党部对峙的局面，企图动摇广州国民政府。20日，他们又宣布开除恽代英等“共产派分子”的国民党党籍。
    恽代英率领上海执行部内的共产党员和国民党左派向国民党右派进行了坚决斗争，同时致电广州国民党中央，报告西山会议派分裂革命队伍。
    国民党中央迅速回电，委托恽代英、张廷灏为中央特派筹备员，筹备国民党上海特别市党部，代行上海执行部职权。
    1926年元旦，上海特别市党部在上海大学召开成立大会，由恽代英主持。大会选出了恽代英等九人为执行委员。恽代英任市党部主任委员兼组织部长。大会作出决议，要求即将在广州召开的第干净人国民党全国代表大会开除西山议派的首领，并分别惩戒其他参与的党员。
    国民党第二次全国代表大会于1926年初在广州召开，上海市党员大会选出恽代英、沈雁冰等五名代表。他们乘“醒狮号”轮船离开上海，去广州参加会议。上船后，恽代英解开灰布大衫，叠放在床头，拿起一本刊物就看起来。
    这时，沈雁冰望着这件大衫出起神来。在他的心目中，这件大衫就是恽代英的商标！这件大衫，五四时期在武昌听过恽代英讲演的青年们见过；在上海大学听过恽代英在讲坛上讲课的同学们见过；在国民党上海执行部里工作过的朋友们见过。青年们一见到这件灰布大衫就倍感亲切。这件灰布大衫成了恽代英整个人格的一部分。这从不变换的服装又象征了恽代英对革命事业的始终如一的坚贞和苦干。沈雁冰感慨万千。后来他在1945年回忆起恽代英时曾说过这样的话：
    “将来的革命历史博物馆要是可能，Y君（恽代英）这件灰布大衫是应当用尽方法找了来的。”
    恽代英一行到达广州时，会议已经正式开始好几天了。在这次会上，恽代英以173票的多数当选为国民党中央执行委员。
    在1月9日地大会闭幕式上，恽代英发表了学说。讲话中他首先肯定了国民党第一次全国代表大会“是在中国革命历史上有永远纪念价值的一个大会”。为了贯彻第二次大会精神，他着重讲了两点：
    第一，会以后，国民党“要变成一个更有力的党”，国民党“中央执行委员会要变成一个更有力量的全国代表大会。”
    第二，大会以后，同志们要“更加认清楚”国民党的“主义”。
    他驳斥了西山会议少所谓国民党在共产党影响下“就要亡党”的诬蔑。
    他鲜明地向大会宣布：他“如果有违背三民主义去做反革命的事情，便马上可以拿去枪毙。如果没有，便不能开除。”
    恽代英在国民党第二次全国代表大会上义正严词的讲话沉重地打击了右派，为革命派申张了正气，因此受到普遍欢迎。
    国民党二大以后，恽代英被留在广州，参加国民党中央的领导工作，还担任了陈延年为首的中共广东区委学生运动委员会书记。
    2月的一天，他收到一份由广东东江周恩来发来的电报，邀请他去参加将要举行的东江所属行政会议。恽代英十分高兴，因为他早闻周恩来是我党杰出的同志，在任中共广东区委委员长、黄埔军校政治部主任、东征军总政治主任等职务时功勋卓著。
    东江地区是陈炯明的老巢，和香港的帝国主义势力有不少联系。第二次东征后，怎样巩固胜利是个急迫的任务。如何治理这个地区，就落在周恩来的肩上，他被任命为东江各属行政委员，负责潮州、梅县、海陆丰25县的地方行政工作，任命县长、检察官、特派员，领导各项工作。2月1日正式设立行政委员公署，这是历史上第一次由中国共产党人担任主要领导职务的机构。成立那天，他电邀恽代来出席。恽代英认为自己应该尽其所能协助战友搞好这个地区的施政建设，同时他也很想结识周恩来，向他学习工作经验，所以接到电报后，就立即欣然前往。
    2月22日，恽代英赶赴汕头市岭东商业学校，出席东江所属行政会议。周恩来在报告中对肃清奸商、买办，惩治贪官污吏，整顿内部，工商联合，封锁香港等都作了部署。
    恽代英作为特邀客人在会上介绍了国民党第二次代表大会的情况，也发表了自己的看法。
    在东江、潮汕逗留的半个月里，他充分利用会上会下时间，广泛接触社会各界人士，对这里人民的生活、商业、各阶层人士对省港罢工的态度、工农运动、教育、军队的政治工作等方面作了调查研究。他听说这里正沸沸扬扬地议论着潮州的一件案子：有一个叫黄翠英的女性，上级要调她当女学校长。遭到学生们的反对，她想不开，就悬梁自尽。潮州城里的旧势力乘机诬蔑说是帮助学生运动的同志把她杀了。恽代英知道周恩来和邓颖超都十分重视妇女工作，邓颖超在2月19日主持召开了国民党汕头市党部妇女运动委员会第九次大会，拟订了保障妇女儿童权益的五条提案，并已提交这次东江各属行政会议上予以通过，所以恽代英就同周恩来、邓颖超交换了他对黄翠英案件的看法。他说：
    “我认为，黄翠英是一个孀妇，学生反对她当校长，这就触动了她作未亡人的悲感。杀死她的真正凶手不是学生运动，更不是支持学生运动的我们，而是潮州的牌坊！潮州到处是节义牌坊，天天在向群众宣扬封建迷信思想，这无论是对那些学生，还是对黄翠英本人都有影响，归根到底，黄翠英的悲剧是旧势力造成的。我建议把那些牌坊一起推倒！真能这样做，那就功德无量了。”
    周恩来听了十分赞同地说：“代英说得很对。旧礼教、旧思想在妨害妇女解放，牌坊自然起了不良影响。”
    离开东江前，恽代英又周恩来说：“我在东江半月，很高兴有机会与东江各界代表接近。从他们在会场上的报告，以及我与其他人的谈话中间，我得到了大量有关东江民众生活的实际材料。我觉得，几乎没有一件材料不是可以证明我们革命的理论的。我深深感觉我们今天所号召的革命，完全代表了中国被压迫民众实际生活的要求。可惜有一些宣传革命的人，每每只知道根据书本理论，而不留心人民实际生活情形，所以不能和群众站在一起，领导民众起来为自己的利益而奋斗。”