恽代英自广州暴动失败来到香港后，一方面立即组织人员，寻找、接待广州起义后流散到香港、九龙的同志，把他们安全转移或隐蔽起来，以保存这批革命的火种；另一方面及时总结经验教训，振作精神，准备继续对敌人斗争。但这时李立三身份来香港处理处理广州起义失败后的善后事宜，12月下旬主持召开了广东省委会议。会上，李立三把起义说得一无是处，完全抹杀了广州起义领导人的革命热情和大无畏献身精神，并以“政治纪律”为名，处分了大批起义领导人：撤消了黄平的广州市委书记职务，撤消了恽代英、陈郁、周文雍、杨殷等的省委委员职务报中央批准。李立三自任省委书记。
    恽代英在会上作了恳切的自我批评，并指出了工作做得不够的地方和起义失败的原因。在座同志深受感动，一致认为要向他学习。
    李立三的做法引起了很多同志的不满，党中央也觉得不妥，把李立三调回上海汇报工作，并派邓中夏去香港担任广东省委书记。邓中夏否定了李立三的错误做法，他要恽代英留在香港从事地下斗争。不久省委机关遭敌破坏，邓中夏被捕。
    由于地下斗争的需要，恽代英经组织批准，写信给沈葆英，希望她来香港协助工作。
    1928年春天，葆英从上海搭船来香港。从此，这一对革命夫妻，相互鼓舞，开始了了在第二条战线上的并肩对敌斗争。
    恽代英当时负责党的宣传工作，编辑党刊《红旗》，沈葆英就帮他搜集整理国际国内政治资料。有时，恽代英和同志们开会时，葆英就到楼下去担任警卫。
    3月中旬，周恩来受到中共中央委托，来到香港，召开省委扩大会议。他在会上全面分析了广州起义的历史意义，肯定起义领导人在斗争中表现出来的大无畏革命精神，指出起义失败的原因是敌强我弱、没有争取广大农民配合、在战斗形势不利时又没有及时撤退转往农村。他对有错误的同志也提出了批评，并宣布原来的处分决定无效。周恩来并指示省委组织营救邓中夏（不久邓中夏被营救出狱）。
    参加会议的同志都认为周恩来讲的话实事求是，以理服人。
    此后不久，葆英怀孕了，常常呕吐，恶心，头晕，恽代英就更忙了，每天除了写稿、编刊物、开会以外，尽量腾出时间照顾葆英。那时党的经费常常中断，夫妇俩缺衣少食，有时甚至断炊。恽代英就想方设法买点好吃的给葆英，即使炒个菜，也是自己避开，给葆英一个人吃。偶尔也买点水果，让葆英开胃，而他自己却常常饿肚子，不让葆英知道。
    一天，   为了给葆英解闷，代英抽空和葆英一起进了闹市区的一家咖啡店。
    他们在喧嚣的人丛中，找了个稍微僻静的角落，坐了下来，要了两杯牛奶咖啡，慢慢地品尝着。
    咖啡店里进出的人群，三教九流，各种国籍、各种肤色的都有。代英瞥了一眼，对葆英说：
    “我今天要你看的，就是香港的这一部分，也是香港式的芸芸众生。那一对一对的，有的是夫妻，有的是情人，有的是在鬼混。所谓‘亲爱的’‘甜蜜的’‘幸福的’只是外表。像我们这种人，来这里的极少。我们身处异地，天天担着风险，为了什么？你跟着我，一对夫妻，连条被子都没有，为了什么？你想过吗？葆英沉静地望着他，没有插话。代英擦了眼镜，又接着说：
    “在这个世界上，有各种各样的人在群居生活。书呆子，没有生活乐趣；浪荡子，不懂生活乐趣，他们把占有当幸福，把肉麻当有趣。有些人，只的躯壳，没有灵魂，只能算是行尸走肉；有的人只有个漂亮脸蛋，打扮得花枝招展，只能叫做衣架饭囊，从人类有了阶级，兴趣和爱好都打着阶级的烙印。我们也有我们的幸福观。我们决心献身人类解放的最庄严的事业，而这个事业是长期的、艰巨的，我们就先要解放自己。我们就要以苦为乐，以苦为荣。‘先天下之忧，后天下之乐而乐’，就是一种崇高的精神境界。我们是贫贱夫妻，我们看王侯如粪土，视富贵如浮云，我们不怕穷，不怕苦。我们要安贫乐道。这个道，就是革命理想。为了实现它而斗争，就是最大快乐。我们在物质上虽然贫穷，但精神上却十分富有。这种思想、情操、乐趣，是他们无法理解的。你已从斗争中得到了乐趣，就是已经摆脱了那种陈腐的、庸俗的低级趣味，这就是一大胜利。仅仅为了这一点，也要为你祝贺！”
    他把杯子移过来，在她的杯子上轻轻碰了一下，两个人都会心地笑起来。
    1928年秋天，中国共产党第六次全国代表大会以后不久，恽代英和沈葆英被党中央调到上海。恽代英接替余泽鸿，担任中共中央组织部秘书长，协助周恩来工作。
周恩来当时是中央政治局负责人之一，工作非常繁忙，主持和处理组织部日常工作的担子就落在恽代英肩上。
    这时，各地党组织在大革命失败后，遭到严重摧残，保存下来的一些党组织内部，涣散无组织的状态十分严重，有些地方党的组织生活陷于半停顿状态。中央组织部的工作就自然十分繁杂。恽代英不仅要解决全国各地组织前来请示、汇报工作的问题，同时还要接待大革命失败后来自各地失掉组织关系的同志，审查、解决他们的组织关系和工作问题等。除了重大问题解决不了，需要去请示周恩来，一般都由恽代英去接待，并具体指导或直接作出决定。遇到有些省级负责人提出要求同周恩来面谈时，也都先后由恽代英同他们作初步谈话，再向周恩来汇报时，周恩来总是表示同意或照办，对他的工作十满意。当时组织部人手少，任务重，其他同志在工作中已经感到十分劳累，而恽代英的工作比他们更繁重得多。他在工作中的那种擘划若定、忙不知倦的精神以及学识渊博、胸怀宽广、生活简朴、平易近人，使组织部其他同志毕生难忘。
    1929年初，恽代英被调任中共中央宣传部秘书长。
    要公开活动年代，恽代英曾经作为天才的演说家、鼓动家使广大听众为之倾倒。现在，在地下斗争年代，在党中央的喉舌机关，他又充分发挥了用文字进行战斗的杰出宣传家的卓越才能。
    他先是负责编辑中共中央机关刊物《红旗》和指导上海地区党的机关报《上海报》，不但要负责组织和编辑稿件，而且还亲自写了大量文章。从可以搜集到的材料来看，1929年的上半年，恽代英在《红旗》上就发表了34篇文章。在这些文章中，他揭露了帝国主义的侵华罪行、买办资产阶级的卖国行径、次本家残酷剥削工人的事实和南京政府的卖国外交等；指出只有工农群众起来，打倒帝国主义与封建势力以及为帝国主义效劳的买办资产阶级，建立起工农苏维埃政权，中国才能够真正的统一，才能有永久的和平。
    在这期间，更加值得大书特书的是，恽代英负责编写《每日宣传要点》的惊人效率及其作用。
    每天清晨，他的家里就开始看大量的当天报纸，有上海的《申报》、《新闻报》、《时事新报》等，还要看能搞得到的外文报纸，如《泰晤士报》等。有时内容太多，又要赶着上班，他甚至就在去机关的路上一边走路一边看，一边就构思好了要写的内容。
    早上8点之前，他就到了办公地点，坐下来就立即动手写，思路敏捷，不打草稿，一气呵成。
    恽代英在写的时候，紧挨着他坐着的助手张纪恩，看着他写一字，也忙在蜡板上跟着刻写一字。不到半小时，一篇1000~1500字的稿子就完成了，往往不作任何改动。其他同志立即就把稿子油印好，马上就发行出去了。
    恽代英以他敏锐的观察力，从敌人的报纸中找出统治阶级内部的黑暗、冲突、矛盾以及剥削压迫劳动人民的罪恶，以深刻的分析能力、犀利的笔锋和通俗的语言写成一篇篇富有宣传鼓动性的文章，在助手们的配合下，以飞快的速度，传递到基层党组织和群众的手中，使党组织正确、及时地了解和认识当前的国内外形势，明确了我们的宣传重点，掌握对敌人闻风丧胆的《每日宣传要点》的撰写工作主分是由恽代英一人唱独脚戏完成的。
    周恩来对恽代英和同伴们的工作也十分称赞和佩服，他曾经说：“如此迅速地写好一篇稿，印好以至发行到群众的手中，只需个把钟头，整个世界历史上是破天荒的。
    《每日宣传要点》坚持办了好几个月。
    在1929年6月25日至30日在上海召开的中共六届二中全会上，恽代英被补选为中央委员。
    经党中央批准，在1929年下半年，办起了秘密的干部训练班，由当时已从中宣部调回中组部的恽代英任干部训练班主任，党中央秘书长余泽鸿任副主任。
    训练班每期一二十人，都是省委级以上的干部：时间半个月至一个月，大约办了三四期。
    训练的内容包括军事、组织、宣传、工运、农运等课目。教员都是中央政治局委员和担任各部的部长或主持工作的主要负责人，周恩来、恽代英、李立三、项英等都来讲过课。
    恽代英除讲课以外，还找干部个别谈话，了解情况，回答和解决他们提出的各种问题。然后，他向周恩来汇报，周恩来总是同意恽代英的处理意见。
    学员们非常欢迎恽代英的讲课，因为他不但口才好，而且经验丰富，讲得切合实际，是书本上找不到的活生生的事实和经验教训，不是空洞的教条。
    训练班的工作结束后，恽代英每天早出晚归，除了开会，接头，找工友们谈话，接待各省来的同志以外，还要写文章，做报告等等。革命形势的发展更使他觉得需要不断学习理论，充实自己的思想，因此他总是尽量挤时间看书、学习。紧张而繁忙的工作使他本已患了肺病的身体日益虚弱了。尽管他始终乐观，但是人们已不难发现他疲惫不堪的神态。当他在开会前或开会中间休息时，他便倦态毕露，有时会在会议进行中沉沉睡去。同志们都知道他全靠了坚强的意志和对革命的无比热忱，才使他能够担负这样紧张而繁杂的工作。许多好心的同志劝他休息休息，但他却深感时间不够用，要做的事情、要看的书太多了，哪里来的时间休息呢？
    每天晚上，沈葆英坐在灯前，等他回来，直到听到熟悉的脚步声，看到他苍白的面孔，她才放下心来。有时恽代英整日不出门，那是为了写文章、草拟文件。他伏在桌上写啊写啊，甚至连吃饭也忘了。
    若干年来，这对夫妇不再谈起生死二字了。一个把生死置之度外的人，一个把自己的全部精力献给党的人，是不怕死的，也是不谈死的。可是，在尖锐激励的阶级斗争中，死神经常威胁着每个地下工作者，尤其是当自己的亲密战友接连遭到敌人屠杀时，又怎能忘却对死者的怀念，又怎能不去正视刽子手的魔影呢？彭湃和杨殷牺牲的消息接连传来，恽代英夜不成寐。沈葆英抚着孩子一觉醒来，看见他还在皱眉沉思，伏案握笔，就催促他停下笔来，明天再写。他抬起来，眯着眼睛，对葆英说：
    “四妹，敌人的屠刀一刻也没有停，我们的斗争一分钟也不能停啊！”
    他走到床前，握着葆英的手，悲痛地说：
    “你见过彭湃，他是多么好的同志啊！他不惜身家性命，背叛了本阶级，一心干革命，有才干，有魄力。谁知他竟被叛徒出卖了。杨殷在广州暴动时，很坚决、很勇敢，如今也被敌人杀害了，烈士的鲜血，督促我们要加强努力，还击敌人，证明共产党人是斩不尽杀不绝的。我们不怕死，在这样严重的时刻，我们都必须要有随时为党献身的思想准备。”
    停了一会儿，他接着说：
    “监狱、刑场也是共产主义者的战场。我们要随时准备在这个战场上接受血和火的考验。葆英，你想过这个问题么？这些时，你想了些什么呢？”
    葆英激动地坐了起来，说
    “这些年和你的一起斗争，我真正理解了人生，认识了生活的意义，懂得了人的价值。我匀湖北女师有些同学都在上海，但现在已走着不同的道路。是人是鬼，是真金是废铁，平时看不清楚，一进炼丹炉马上就现了原形。”
    “是的，你观察人生，又悟出一条真理。”恽代英高兴地说：“凡是贪图享受的人，在困难面前必然是见异思迁。我们是贫贱夫妻，患夫妻，为了铲尽这人间的苦难和不平，我们愿饮尽世间苦汁，让我们的下一代得到幸福。”他望着沉酣睡的、在梦中还呷吧着小嘴的儿子，无限深情地说：“我相信，我们的小毛弟，他们这一代定会得到幸福的。”