1946年5月17日，李公朴回到了昆明。他这次回到昆明，准备结束在这里的工作，然后去上海，与先期已回到上海的陶行知继续办社会大学，并要在重庆、昆明、北平、香港等地设立分校。
    李公朴回昆明 不几天，即利用星期日到云南大学讲演《内战与和平》。他从国际形势讲到国内形势，说明内战迫在眉睫，但发动内战，违背人了的意愿，必将遭到人民的唾弃。他说：国民党暂时在军事上处于优势地位，但在政治上丧失人心，发动内战，反独裁、要和平、要民主是我们坚定不移的任务。他号召，父亲要告诉儿子，妻子要告诉丈夫，不为内战当兵，不为内战纳粮，不为内战交税。
    1946年6月26日，蒋介石经过精心策划，命令刘崎率30万大军向中原解放区发动进攻，点燃了全面内战的战火。为了配合其军事行动，国民党反动派加强了其军事行动，国民党反动派加强了其统治区的白色恐怖，残酷镇压和平民主运动。此时，云南籍军人潘朔端在辽宁海城率部起义投诚，消息传到昆明，大快人心。反动当局则惊恐万状，在云南实施“紧急措施”。蒋介石向云南增派特务和刽子手，制定了“个别消灭，局部扫除”的残忍计划。昆明街头，军警特务，荷枪实弹，他们翻箱倒柜，搜查进步文化出版机构，侦探民主进步人士行踪。晚上街头经常枪声大作，人们谈虎色变，人心惶惶。
    国民党反动派还挑拨离间，造谣中伤，制造紧张空气，为他们暗杀阴谋制造舆论。他们到处张贴小字报，在社会上散布离奇谣言。四五月间，特务机关就放出了还远在延安的艾思奇已到昆明策划暴动的空气，随即又悬赏缉拿艾思奇，并向艾奇在昆明的亲朋旧友探友探寻踪迹。一个艾思奇的旧时同学，被特工侦悉，许以50万元要说他说出艾思奇的住址。李公朴更是国民党反动派攻击的目标。6月20日他在日记中这样记载：“近来各种无稽谣言甚多，最是可笑者为吾来昆时曾携有美女四名，虎儿（大汉）两名，现款七万元，以资活动云云。又说，还带来特务四十人，吾当然为特务头目了――还有说东北潘朔端师之投奔共党，亦与我有关。此次来昆更将继续有所发动等语――吾自问实无此能力，自无此可怕。国民党的特务们之低能到只会造谣来表语敷衍塞责，胡说八道，诚属可笑之至耳。”昆明一些国民党控制的刊物，公开发表评论，制造和传播谣言，说共产党要在昆明暴动，“派大员艾思奇到云南进行策动”，以至“如何与李公朴和闻一多等拉连”等等。民主同盟云南支部的办公处府甬道14号门外，经常有口叼纸烟，怪模怪样的人溜来溜去。从14号进出的民主人士，身后经常有尾巴跟随。
    为了揭穿敌人的阴谋，民盟云南支部6月27日至29日连续三天举行招待会，阐明是非暴力革命团体，只以和平方式争取民主，解决国是，决不搞暗杀暴动。第一天在商务酒店招待国民党政府在滇的党政军重要负责人，警备司令部代表等50多人到场。 会后，竟有人将签名簿半偷半抢拿走，经人呼追，那人跃入河中游至对岸被人捉住，竟出示手抢相威胁。第二天招待文化界、工商界、地方名流，李公朴针对昆明出现的许多谣言，在讲话中指出：“在政党之间可以有相互的公开批评，不应采取谩骂造谣的方式；可以相互友谊竞赛，不应采取消灭异已的方式，为了民主和平，我们愿意和一切人合作，把中国建设得幸福繁荣。”闻一多也讲了话，最后他伸出手来说：“就让我趁此正式公开地向诸位伸出我们这只手吧！这只‘无缚鸡之力’的书生的手，不可能也不愿意以威逼人，因此，也不受人利诱，你尽可瞧不起它，但是不要好怕它，真的，有什么可怕呢，不信，你闻闻，这上面可有一丝一毫的血腥味儿？”他们的讲话，搏得全场热烈的掌声。一些国民党的著名将军，护国运动的元老和工商界的领袖都先后发言表示赞同。一位知名工商界人士说：“看到近日楼上贴的标语，总把民主运动的人说成是青面獠牙的恐怖人物。今天参加这个招待会，亲眼看到诸位都是国内外知名的学者教授，才恍然大悟。……做生意的人也和大家一样，需要民主和平的社会，只有如此，才能安居乐业做生意，我冒昧请求诸位，假如不嫌一个商人有铜臭气手的话，我愿意伸出手来同诸位握手的。”第三天会议招待的是昆明新闻界，但商务酒店接到当局的警告，不准把会场借给民盟，否则手榴弹对付。李公朴宣布会议改在金璧路冠生园举行。会上，李公朴对民盟的宗旨进一步加以声明，说民盟当前的主张，依然是“民主团结，和平建国”，号召唤起民众，要求民主，反对内战。正说着，闻一多突然打断李公朴的发言，大声说：“我不许打”，他握着拳说：“这个‘我’，是全休老百姓的意思，民盟永远深信人民的力量。诸位要问民盟的力量，其实简单得很，它就在眼前，存在于千万人民的意志里。上海的大游行，昆明的一二一运动，杭州、北平等地方的反战运动，都是一种表现。不论过去、现在、将来，没有失掉人民的人能够获得胜利，更没迫害人民、反对人民的人会得到成功！”
    民主同盟光明正大的言行，得到昆明市人民的拥护和支持。国民党反动派知道对民主人士用金钱和官位引诱已达不到目的，于是他们迫不及待，使用各种卑鄙无耻的手段对李公朴等进行监视，并为杀害他们制造口实。7月初，李公朴住所北门书屋正对门，来了一个皮匠，斜视着北门书店进进出出的人，街头巷口也不断有人巡逻。一天，两个彪形大汉突然来到北门书屋，神色显得慌张，口口声声说要见李先生。家人一看便知不是好人，托辞拒绝，但过了一会，这两人又上门求见，仍被家人拒绝了。第三次他们来时，李公朴决定接见他们。一见面两人“热情”地握住李公朴的手说：“这次总算见到了，找得我们好苦啊！”并郑重其事地递上一封信，信上说，看见近日楼壁报上讲，李先生正在召集干部准备在云南起事，我们都是退伍军人，不满现状，愿来投效，请收留云云。面对反动派荒唐、卑鄙、愚蠢的伎俩，李公朴严正说：“壁报上的话，完全是造谣诬蔑，你们绝对不能相信，你们也亲眼看到了，我现在就开这样一个小书店，用口和笔呼喊和平民主，哪里能起什么事呢？两个“退役军人”煞有其事，似乎非要参加“起事”不可，一再纠缠，要李公朴的严厉训斥下才悻悻离去。有时，深夜里北门书屋门缝里会塞进恐吓信来，甚至附有子弹。
    对这样险恶的环境，李公朴是很清楚的，并预感到会发生什么事情。他对张曼筠说：“我们搞民主运动的人，是要随时准备牺牲的。”又说：“假如我被打死了，你怎么办？”7月初的一个晚上，他的秘书方仲伯劝他离开昆明。李公朴说：“他们要杀你，什么地方都一样，看情况，我已走不出昆明了。”
    根据方仲伯的回忆，李公朴在昆明的最后的日子里，一般已很少外出，在家里集中精力撰写《欧洲教育史》。一次，他突然问方仲伯：“你是共产党员吗？”方仲伯问他为什么问这个问题。他说：“我相信你应该是，如果你不是，那我就更谈不上了。”他深思后从抽屉里拿出一本《列宁主义问题》，自言自语地说：“时间已过了，我怀念延安。”他说到这里，突然把话题一转，对方仲伯说：“知道我的人不少，真正了解我的人并不多。我只希望共产党能了解我，我就心安理得了。《新华日报》创刊八周年时，我写了一首贺诗，在诗的最后我呼《新华日报》万岁，为什么只喊《新华日报》万岁？因为我还没有条件喊共产党万岁，但必须是共产党万岁，才可能有《新华日报》万岁。我这个意思，你是会理解的。”说到这里，他泪水盈眶。最后，他陡然站了起来说：“为了民主，我已准备好了，两只脚跨出门，就不准备再进门了。”
    7月11日，昆明天色阴沉，霪雨绵绵。晚上7时半，李公朴因替友人接洽借用南屏电影院开音乐会募捐之事，偕夫人张曼筠一同前往联系，事毕后顺便看了一场电影。9时45分，电影散场，两人徒步到南屏街乘公共汽车回寓所。在电影院早就坐在他们周围的几个穿美制军服的人也跟踪上了车。李公朴和张曼筠坐在车箱中部的旁座上，尾随上车的几个人，一个坐在李公朴旁边，一个坐在张曼筠的旁边，还有一个坐在李公朴的斜对面。车行至青云街停站后，李公朴夫妇下车，坐在斜对面的那个人也紧跟下了车，最后下车是那两个坐在他们身旁的人。这时，正在下雨，灯光暗淡，看不见周围情景。李公朴走在前面，在一上坡处，突闻微弱“啪”的一响，李公朴应声倒下。张曼筠赶上前去扶他，问：“怎么又跌了呢？”李公朴在地上挣扎说：“我中枪了。”张曼筠这才看见他腰部全是血，不断往外流。她急忙大声呼喊“捉人呐，枪打人了！”市民闻讯奋力追赶，凶手掉头向青云街逃跑，被岗警捉住，送往警察三分局。凶手正是在车上坐在他们斜对面的那个人，但不久就被一辆吉普车接走了。
    张曼筠在细雨蒙蒙中抱住呻吟着的李公朴。10时半，正巧云南大学的几个同学路过，发现躺在地上的正是他们尊敬的导师李公朴先生。他们扑上去，扶起公朴的头，大声喊道：“公朴先生，公朴先生。”李公朴睁开眼睛，轻轻应道：“你们来得正好，快想办法。”有同学赶到北门书屋，通知他的儿子李国友，并找来帆布床。同学迅速把李公朴送到云大医院。
    经医生检查，子弹是从后腰射入的，经过腹腔从右腹穿出，血完全流在腹腔和胃里。李公朴大口大口地吐着鲜血，医生打开腹腔后发现肠已穿了好几个大洞，有两个洞口径超过一寸，血像自来水一样往外涌，手术室里到处是殷红的血滴。李公朴因失血过多，近于昏迷。医生给他输血，打强心针，用各种办法抢救这位民主斗士。李公朴时而清醒，骂道：“无耻！无耻！”“我完全为了民主，完全为了民主。”
    张曼筠陪伴在李公朴的身边，用发热的脸贴着他的额角。室内充满了紧张和悲愤。3点多钟，李公朴神志又稍为清醒，睁开眼睛望着面前的朋友们，说：“我早已准备好了。”但声音很微弱，接着又昏迷过去，问张曼筠：“外面什么时候了？”张曼筠告诉他：“5点多，快天亮了。”
    李公朴再也不讲话了，鲜血从他口角里流淌出来。黎明前，这位伟大的民主战士、杰出的人民政治活动家、优秀的新闻工作者和社会教育家疲倦地闭上了眼睛，离开了他时刻惦记并为之奋斗一生的人民。