皖南事变后，国民党反动派加紧了对共产党人和爱国民主人士的迫害。直接领导中共中央南方局工作的周恩来同志，贯彻执行“隐蔽精干、长期埋伏、积蓄力量，以待时机”的方针，大量疏散干部。周恩来对李公朴是作为党的干部看待的，为了他安全，决定让他和他的秘书方仲伯（中共党员）去云南、缅甸，并送给了路费。 周恩来对方仲伯说：“国民党顽固派迫害他们，我们就要保护他们。他们的生活和工作没有人管，我们就要管。他们可以起到我们所不能起到的作用，那就是争取中间势力，包括中等资产阶级、开明士绅和地方实力派。现在要他（李公朴）去做争取华侨和争取英美的工作。”
    李公朴从重庆出发之前，搜集了大量反映中国人民抗战业绩的资料，包括全套的《新华日报》、战地油印小报、战利报、图片，准备去缅甸举办“中国抗日战争现状”展览会，以扩大影响，争取侨胞和世界人民对中国抗日战争的支援。这些装满几大箱的文物资料，通过他的武进同乡、中兴汽车运输服务公司总经理陈松茂的帮助，安全运到昆明。但国民党当局发现了李公朴的行踪，外交部驻昆明办事处不给签证，他们只好留在了昆明。
    当时，云南到越南、缅甸有两条公路运输线，云南是中国战场的重要国际通道，“云南王”龙云王是个彝族封建军阀，政治立场动摇不定。这里的形势相当复杂，有蒋介石的中央系统和地方军阀的矛盾；有长期处的闭塞条件下的本地人和在抗战期间大量涌入的外省人在各方面的不协调和冲突；另外，各种学术观点、政治意见的分歧，也使人们分成不同圈子。“总之，这里既是国民党反动派挑起内部冲突、破坏抗战的场所，又是党在大后方建立抗日民族统一战线的一个重要战场。”（楚图南《战友李公朴印章印象记》）。昆明还糜集了大批战区来的官僚政客和投机商人，他们把这里当作以国难财的天堂，市场畸形繁荣，通货膨胀，物价飞涨，人民生活极端困难。在西南联大当教授的闻一多，也不得不在夜晚给人刻印章予生活以小补。李公朴到昆明后，通过朋友的关系，只身借住云南青年会，而把家安排在乡下。为了生计，还出卖了自己珍爱的网球拍子。后来，又把岳父张筱楼接来昆明鬻字卖画，维持全家生活。
    李公朴忍辱负重，开辟草莱，一到昆明，便以满腔的热情和出色的社会活动能力，广泛接触了各界人士，在政界、军界、商界、文化界甚至宗教结识了大批能力朋友，很快打开了工作局面。他帮助青年们组织读书书会、座谈会、演讲会；帮助出壁报、油报《职业青年》刊物，团结了一批朝气勃勃的青年。
    他看到，昆明的一些进步书店遭到反动当局迫害和摧残，生活书店、读书出版社等被勒令关闭，书报邮寄也控制极严，人们缺乏精神食粮。李公朴气愤地说，这是出版战线上的一场生死搏斗。我们要斗争下去，就要自己开书店，办出版社，开辟自己的阵地。
    1942年秋天，李公朴全家搬进了城。在北门临街一间店铺做了两个竹架，用板放了个案子，开办了“北门书屋”。书屋楼上两间，是李公朴全家的住所。
    李公朴开办书店得到朋友的同情和支持。书店的房忆是昆明商会会长李琢庵的房产，知道公朴要办书店，分文不收租金。出版界的同行如上海图书杂志公司、华侨书店、进修出版社、康宁书店，都供应北门书屋大批图书，出售后按四六成或三七成结算，售不出可如数退回。李公朴开书店的消息很快传开，远道的学校、企业、事业单位，为支持北门书屋，舍近求远来购书。建水等地区，由于中共地下党的帮助，也成了畅销区。
    开办出版社需要资金，要有作家合作，还要的印刷厂作为后援。李公朴常说，为群众办的事，要依靠群众来办。他整天骑着一辆破旧的自行车，在车上装着一个皮喇叭，“姑括，姑括”东奔西跑，书店、印刷厂、学校、青年会等地方，到处可见他的风尘仆仆的身影。他找些暂时不付稿酬的稿子，能赊欠的印刷厂，陈松茂和聂耳的岳父郑一斋也给予大力援助。“北门出版社”终于开始运作。北门出版社最早出版的两本书，一本是楚图南（笔名高寒）翻译的尼克拉索夫等人的诗集《枫叶集》，一本是张光年（笔名光未然）的诗作《雷》。这些都是歌颂战斗和新生活的战斗诗篇，在当时环境下很难问世。
    北门出版社得到中央云南地下党的支持，由党支部一些引起同志组成编委会，张光年是主要负责人之一。李公朴还邀请楚图南、闻一多、赵〓、曾昭伦、潘光旦等参加编辑工作，先后出版过苏联名著译本《新时代的黎明》、《高尔基》、艾青的《献给乡村的诗》、《人民的歌》、张光年的彝族长诗《阿细的先鸡》、赵〓的《名曲解说》、白澄主编的《五月之歌》。北门出版社还出版了张光年和叶以群主编的民主文艺丛刊第一集《文艺的民主问题》，参加执得寸进尺的有茅盾、何其芳、曹靖华、姚雪垠、楚图南、李何林、徐迟等20余位作家。该书对当时文艺民主问题提出了尖锐深刻的意见，反映了毛泽东《在延安文艺座谈会上讲话》的基本精神。这些工作，使西南文化出版事业大放异彩，对民主运动起了推动作用。
    在出版社刚成立时，李公朴就计划编写一套青年丛书，宗旨是继承五四光荣传统，提倡民主与科学，指引青年走正确道路。第一集是李公朴、曾昭伦合著的《青年之路》，第二集是曾昭伦编写的《火箭炮与飞炸弹》，第三集是曹伯韩著的《民主浅说》。第四集是李公朴的《民主教育之路》，对当时不合理的教育制度提出尖锐的批评，指出中国青年教育必须根本改造，这本书刚刚写好，尚未付排，李公朴就敌人暗害了。
    李公朴初至云南时曾到滇西、滇南各县考察，特别注意青少年的教育问题。他看到内容贫乏的课本和单调的学校生活，严重束缚着孩子们个性的发展，他计划有系统地编写出版中小学课本，代替正中书局课本。他还筹划出版社少年期刊《孩子们》，成为当时云南的畅销刊物之一。两年多时间，北门出版社共出版文艺作品、翻译小说、诗集歌曲、文学评论、少数民族地区考察记、青少年读物等30余种。另外，还冒着进监牢掉脑袋的危险，在地下印刷厂翻印了毛主席的《新民主主义论》、《论联合政府》和朱德总司令的《论解放区战场》等，将白区人民很难见到的代表中国共产党政治主张的小册子，送到各州县，扩大了共产党的影响。
    李公朴在工作中坚持民主作风。他的北门出版社建立民主会制度，不论是谁，只要是参加工作并付出劳动的，都有充分发表意见和批评自我批评的权利。在十分艰难困苦的条件下，团结了周围一切要以团结的人，齐心协力，艰苦奋斗，忘我工作。他经常对人说，有民主就有团结，团结就是力量。
    随着北门出版社业务的不断发展，政治活动也日益活跃。北门书屋的顾客，川流不息。楼上公朴的寓所，高朋满座，这里经常举行各种小型集会，如宪政座谈会、时事讨论会、妇女联谊会、民盟小组会等。远方来的民主人士和文化界的朋友，也把这里作为中转站、联络点。萨空了从四川集中营出来的昆明后，经常在这里与各方面人士会面。赵丹从新疆监狱出来后，在这里向文化界的朋友控诉法西斯暴行。人们把李公朴的家说成是“文化沙龙”，誉称是“民主之家”。每到周末，青年学生经常来此作客，形成各种晚会。李公朴则活泼得像个青年，或拉着夫人翩翩起舞，或放开嗓子高唱陕北民歌，或拉着孩子扭秧歌。
    1942年，沈钧儒参加了中国民主政团同盟，救国会同时成为同盟的党派成员之一，李公朴也加入了同盟。1944年，民主政团同盟在云南成立省支部，李公朴被选为省委支部执委。他为了扩大同盟的力量，推进民主运动，坚决主张氢“政团”二字取消掉，除保留原有三党（国家社会党、青年党、第三党）三派（救国会、职业教育社、乡建会）外，大量吸收个人盟员，并与代表右翼势力的青年党展开了激励斗争，最终在民盟第一次代表会议上取得胜利。民盟云南支部吸收了一批中上层知识分子、爱国民主人士和进步文化人士入盟，扩大了民盟在社会上的影响，增强了内部团结。
    1944年下半年，日本侵略者发动了豫湘桂战役，国民党从正面战场节节溃退，失地扩大。云南有成为战场的可能，抗日救亡运动也随之高涨起来。在党的领导下，闻一多、李公朴利用“双十节”纪念大会发表宣言，向全国民人紧急呼吁：“实行民主，动员一切力量，保卫大西南。”大会开始时，汉奸特务在会场两次投掷巨型爆竹，进行破坏，作为大会司仪的李公朴，及时揭露敌人的破坏阴谋，组织了一批青年骨干维持秩序，使大会顺利进行。12月25日，是云南护国运动30周年纪念日，群众自动集会。会上，闻一多呼吁：“三十年后，我们所要的依然是民主，要打倒独裁！”李公朴担任大会总指挥。在会后举行的声势浩大的游行中，飘拂着美髯的李公朴、闻一多走在队伍的最前列。
    在繁忙的出版事务和社会活动之余，大西南危急之际，李公朴又拿起了战斗的笔，号召青年面对现实，准备战斗。他在《青年怎样对付战争》一文中，抗战打了7年，由于日趋严重的政治危机，脱离民众、脱离青年，甚至害怕群众、害怕青年的错误政策，致使山河破碎，国土日少。在这“复杂的罪恶条件下”，青年们应大彻大悟，切实改造自己的思想，改造自己的生活，以自我牺牲的精神，切实与人民结为一体。“千万不要被破落的古庙中的牛鬼蛇神的狰狞面孔所吓倒，那些泥塑木雕的鬼怪作威作福的日子已经不远了。我们的工作是在这破庙的基础上，重建一个民主的花园，历史将决定谁是这块土地的最后主人。”号召青年作民主的战士、抗日的先锋，“新的民主的中国，是抗日反法西斯的浴血斗争中创造出来的――青年们，是理论与实践密切配合的时候了！”
    昆明人民日益高涨的民主运动，是整个大后方民主运动的重要一环，有力地配合了西北、华北抗日军民的斗争。但也成为蒋介石的心腹之患。李公朴、闻一多等民主人士成了蒋介石的眼中钉。国民党中央不断向云南施加压力，特务爪牙也伸进云南政权内部。国民党当局随着军事的失利，政治更加腐败，财政经济更加混乱。李公朴预见到这一场政治经济双重压迫的来临，他在给沈钧儒的一封信中说：“此间物价又突飞猛进，来日大难，不易预料。饿死则或有可能，自弃则必然决无其事。我们准备一切来接受这时代洪炉的考验。”
    一天，特务头子刘健群突然到北门书屋“拜访”李公朴，他自称是蒋介石专门派他从重庆来说，说李公朴住在昆明不安全，蒋委员长很关心，希望能到重庆去，可以在教育界委以重任。并强调说，这是蒋委员长的意思，不答应他回去不好交待。 李公朴看透了蒋介石的阴谋，当即表示：我的事业在昆明，我要在这里发展文化教育，不能离开。刘健群的诱降失败后，又恶毒地展开谣言攻势，唆使西南联大三青团在校内外张贴大量标语，说“李公朴已被收买，即将赴渝出任要职”，制造混乱，破坏民主阵营的团结。
    李公朴光明磊落，胸怀坦荡，维护和平民主事业，立场坚定，旗帜鲜明，久经考验。闻一多等对他产生误解的人经过友人的解释，都向他作了检讨。李公朴一向强调“严以责已，宽以待人”，把沈钧儒所说的“人怕人不了解我，只怕我不了解人”当作座右铭。他细读过延安《整风文献》，共产党人那样严格地要求自己，他自愧不如。他想：为什么朋友不怀疑别人而怀疑我？可见我还是有弱点啊！误会解开之后，前嫌尽释，与朋友互相拥抱，成为共患难同生死的战友。
    “仁者不忧，知者不惑，勇者不惧。吾辈追求真理，认识真理，抱着真理为民族为人类服务，还有什么疑惑。既然不惑，夫何忧何惧。”他经常这样自勉。